Hijo menor de Fela Kuti, Seun nació en 1983. Empezó a interesarse por la música a una temprana edad y a los nueve años empezó a tocar en la banda de su padre, Egypt 80. Cuando Fela Kuti falleció en 1997, su hijo tomó su lugar en dicha agrupación. En 2008 la banda publicó su primer álbum con el nombre Seun Kuti & Egypt 80, titulado Many Things. A partir de entonces ha publicado cinco discos más con la agrupación y ha participado en álbumes de otros artistas como Calle 13 y Jidenna, entre otros.